Corrían los primeros días posteriores a la Revolución de Mayo de 1810, y era necesario hacer actos de gobierno que demuestre a los invasores que navegaban por estas aguas del Virreinato del Río de la Plata, que el pueblo, que había decidido separarse de España no iba a dejar que roben en sus tierras.
Haciendo un poco de historia, se comienza a ver un incremento comercial al ya existente en el estuario del Río de La Plata, lo que atrae a mayor cantidad de piratas y contrabandistas que asolan la región, provocando grandes pérdidas a las arcas de España. Esto era bajo el reinado de Fernando VI, quien creó un cuerpo policial de resguardo de las riberas y el puerto, denominada la Capitanía de Puerto, lo que fue en enero de 1756. Pasaron varios jefes por esa Capitanía hasta 1805 que aparece el Alférez de Fragata Martín Jacobo Thompson designado como ayudante de esa Capitanía de Puerto de Buenos Aires, quedando posteriormente a cargo de ella.
Thompson se forja en la defensa de Buenos Aires durante las invasiones inglesas y da su apoyo a la Revolución de Mayo.
En ejercicio de sus funciones, la llamada Primera Junta de Gobierno Patrio, conformada por los patriotas que se había elegido para que guiara los destinos políticos de estas latitudes, realizó diversos actos de soberanía. Uno de los hitos más trascendentales fue, siendo Don Mariano Moreno Secretario de Gobierno y Guerra, romper los lazos de la Capitanía con la Armada Española con asiento en Montevideo, y el 30 de junio de 1810 decreta el nombramiento de Martín Jacobo Thompson como primer Capitán de Puerto de las Provincias Unidas del Río de la Plata, lo que se considera el acta de nacimiento de la actual Prefectura Naval Argentina, conmemorándose en esa fecha su fundación todos los años.
Por ley 3445 del 29 de octubre de 1896, cambia el nombre y se denomina Prefectura, manteniendo las mismas funciones de policía de mares, ríos y puertos nacionales. Esta ley rige hasta 1969 en que es promulgada la ley 18398 que determina la actual jurisdicción y funciones de la Prefectura Naval Argentina.
De acuerdo a lo consagrado por la Ley General 18.398 y la Ley de la Navegación 20.094, la Prefectura es la Autoridad Marítima Argentina por excelencia, corroborado por la legislación que en forma coincidente define el amplio y perfecto
